一、资本化的研发费用在高企认定时，算当年发生额还是仅限于摊销额研究阶段发生的研发费用必须费用化，开发阶段发生的研发费用，如果符合五个条件可以资本化。（三）如果会计选择了资本化处理，在高企认定时，研发费用专审取资本化的金额还是当年费用化金额？从各种培训口径来看，绝大多数专家认为，高企认定主要关注其投入量，因此主流意见认为应该包含资本化的研发费用
二、研发过程中产生的半成品或者成品，未来出售时，会计口径与高新口径差异企业在研发过程中产出产品时，同时符合《企业会计准则第1号——存货》规定的应当确认为存货条件的，会计处理上会将研发费用调整至库存商品。对外销售实现营业收入时，库存商品再结转至营业成本。浙江省注协认为会计处理为冲减研发费用投入，但不减少高企认定时的研发费用。企业研发过程中产出的产品、副产品进行会计处理时，依据财政部《关于印发<企业会计准则解释第15号>的通知》（财会〔2021〕35号）有关规定执行；构成产品、副产品等有形资产的成本，从研发费用科目中转出，不应理解为冲减会计期间研发费用投入，即不减少高企认定时的研发费用。
三、委托外部研究开发费用企业委托境内外其他机构或个人进行研究开发活动所发生的费用，研究开发活动成果为委托方企业拥有，且与该企业的主要经营业务紧密相关。与高新基本相同，只是不强调“与该企业的主要经营业务紧密相关”。如果与委托方的主营不密切相关，只能算会计口径，不能算高新口径的委外研发费用。
指上述费用之外与研究开发活动直接相关的其他费用，包括技术图书资料费、资料翻译费、专家咨询费、高新科技研发保险费，研发成果的检索、论证、评审、鉴定、验收费用，知识产权申请费、注册费、代理费，会议费、差旅费、通讯费等。此项费用一般不得超过研究开发总费用的20%，另有规定除外。除高新口径列举的费用外，还包含发生的其他与研发活动相关的费用，如办公费、福利费等，且会计口径不受比例的限制。只要公司发生境外研发费用，会计处理时，应该全额计入；国科发火〔2016〕32号第三章，认定条件与程序，第十一条，认定为高新技术企业须同时满足以下条件：企业在中国境内发生的研究开发费用总额占全部研究开发费用总额的比例不低于60%；请注意，这段话正确理解是，如果境外研发费用超过40%，在研发费用专审时只能取40%，不是说境外研发费用超过40%，就不能申报高企。实际上，会计准则没有非常明确的规定，但从性质来分析，如果公司对研发人员进行了股权激励，将其计入对应研发项目的研发费用中的人员人工费用，问题不大。高新口径也没有明确规定，从工资薪金定义来看，等待期内不计入，在行权（解禁）时，即在个税所得税缴纳年度，将其计入研发费用中人员人工费用更为妥当。七、不满183天的科技人员相关费用能否算高新口径研发费用包括企业科技人员的工资薪金、基本养老保险费、基本医疗保险费、失业保险费、工伤保险费、生育保险费和住房公积金，以及外聘科技人员的劳务费用。同时在国科发火2016年195号文，第三条认定条件，第五款企业科技人员占比，对科技人员加了183天的限制：企业科技人员是指直接从事研发和相关技术创新活动，以及专门从事上述活动的管理和提供直接技术服务的，累计实际工作时间在183天以上的人员，包括在职、兼职和临时聘用人员。但文件没说，这个183天只限于科技人员占比指标，还是同样也适用于研发费用归集。除高企认定指引的列举费用外，为在职研发人员缴纳的工资以外的职工教育经费、工会经费等均不算高新口径，只能算会计口径研发费用。（四）不满183天的科技人员能否算高新口径研发费用有争议，有些人认为算，将183天限制在科技人员占比层面，人员人工费用还是算的；当然也有一些人计为不应该算，不满183天的科技人员，既不能算在科技人员占比，也不能算研发费用中人员人工费用。
2、高新技术企业认定管理工作指引国科发火〔2016〕195号。